病原生物学系是由医学微生物学和人体寄生虫学两个教研室于 1998 年根据国务院学位办学科调整精神合并而成，经过近10余年的建设与发展，已成为国内病原生物学教学及科研领域中的一支重要力量。病原生物学学科是吉林省高等学校“十一五”重点学科，拥有微生物学、病原生物学两个硕士学位授权点和病原生物学、微生物学和人畜共患疫病学三个博士学位授权点。学系现有教师14人，其中，教授5人，副教授4人，讲师5人；博士生导师2人，硕士生导师9人；有博士学位者11人，有硕士学位者2人，在读博士研究生1人；留学归国人员7人。其中1人为吉林省有突出贡献中青年专业技术人才、吉林省教学名师，1人为吉林大学特聘教授。

在教学方面，学系学术队伍精良，教学经验丰富，目前主要承担七年制、五年制本科、专科、成人教育及留学生等多轨道的医学微生物学和寄生虫学教学任务，并为硕士研究生开设病毒学课程。已培养博士研究生45人，硕士研究生82人，目前在读博士研究生23人，硕士研究生17人。培养本科生研究机会计划学生22人，七年制科技培养计划学生27人，药学及生物工程专业本科毕业实习10人。2005年《医学微生物学》被评为省级精品课程。在教材建设方面，1998 以来主编、参编学术专著（含教材）30余部，是《医学微生物学》“十一五”国家级规划教材的主编单位，获省优秀教材一等奖1项，三等奖1项。在教学改革方面，学系带头进行课程整合和课程建设，承担国家、省部等各级教改项目10余项，获教学成果奖10余项。2003 年教育部重点项目“医学微生物学”网络课程已通过认证、验收，单机版已正式出版发行。

在科研方面，学系具有现代化、完善的科研基地，为教育部人兽共患病重点实验室、吉林省卫生厅重点实验室、吉林省中医药管理局微生物学二级实验室、吉林省中医药管理局寄生虫学二级实验室。实验室面积约550平方米，拥有负压洁净实验室及净化工作室，主要仪器设备有生物安全柜、凝胶成像系统、数码成像系统、PCR仪、酶标仪、分子杂交仪、紫外分光光度计、冷冻干燥机、倒置显微镜、荧光显微镜、超速低温冷冻离心机等。学系主要研究方向包括细菌遗传学、基因诊断技术、感染与免疫及耐药机制的研究；真菌的分子分类及系统发生、快速鉴定诊断、致病机制、耐药机制、次级代谢产物开发利用及新型抗真菌药物的研究；病毒的感染、免疫及致病机制研究；寄生虫感染免疫学及抗寄生虫中草药的开发。近三年，学系承担国家级科研课题10余项，包括国家自然科学基金委国际重大合作项目、国家“十五”科技攻关、教育部高等学校科技创新工程重大项目培育基金、国家自然科学基金以及高校博士点专项基金等。此外，还承担省科技厅、卫生厅、省中医药管理局等省级科研课题10余项，横向科研课题20余项。近年来在学术刊物和学术会议上发表论文250 余篇，其中 SCI收录近20篇。获省科技进步一等奖1项，二等奖2项，三等奖1项，高校人文社科奖4项。申请专利10项，转让或被采用的科研成果有2项。

在国际合作方面，学系与美国佐治亚大学、纽约大学西奈山医学院、美马里兰大学营养与食品科学系及日本国立千叶大学医学部真菌医学研究中心长期合作，在微生物与生物信息学、细菌耐药机制、微生物基因诊断技术、真菌的分类鉴定及系统进化等领域开展合作研究，进行人员互访、学术交流等。

目前学系全体人员正满怀信心，努力将病原生物学学科建设成为结构布局合理、学科梯队精干、理论与应用水平较高、自我创新与发展能力较强、具有一定的综合优势和较为突出的特色、为高层次人才培养和区域经济发展提供有力智力支持的学科体系。