课程建设是本科教育教学的重要环节，是学校内涵发展的根本。课程建设围绕专业人才培养目标，适应医学未来职业发展需求，坚持以学生为中心的教学理念，致力于培养学生具备扎实的基础医学知识、较强的医学实践技能、批判性思维与自主学习能力。学院课程建设主要开展精品课程、教学团队、教学研究、教学方法改革及成果建设。

经过多年的传承与发展，学院逐步调整与完善了基础医学课程的分层次、多轨道专业课程设置方案，凸显了专业人才培养的要求与特色。基于岗位胜任能力的培养，进一步调整完善长学制医学生基础医学整合课程方案，以人体系统为基础，以临床问题驱动，将基础医学课程融合成健康、疾病及人体器官系统13个模块，教学过程中加大了批判性思维、创新思维与终身学习能力培养等相关要素及内容。

学院现有病理学国家级优秀教学团队，病原生物学教学团队、病理学教学团队、药理学教学团队、病理生理学团队、基础医学实验教学团队5个省级教学团队；国家级教学名师1人，吉林省教学名师3人，吉林省教学新秀1人。主编国家级“十二五”规划教材4部，国家级教材主编及副主编8人，编者30余人。现有省级精品课程《病理学》、《医学微生物学》、《免疫学》、《药理学》、《组织学与胚胎学》、《病理生理学》、《解剖学》、《生理学》、《分子生物学》9门。《病理学》为国家级精品资源共享课、国家级慕课，《干细胞基础与临床》为国家视频公开课，《病理学》、《病理生理学》为校级慕课。