教学研究是学院内涵建设的重要组成部分，全面深化教育教学改革的具体体现。教学队伍教学研究能力等直接关系到教学质量的提高及教学改革深入发展。为促使教师更新教学理念，掌握系统的教育理论知识，具备扎实的教学基本功和专业技能，掌握最新学科及相关学科知识和现代化教学手段，学院鼓励教师积极参加教学研究，围绕“以学生为中心”进行教学设计、教学实施以及教学反思。

近年来在人才培养模式改革、专业及课程建设等方面取得丰硕成果。近几年学院承担省级教学研究项目16项，校级教学研究项目近70项。《病理学》（李玉林）为国家级精品资源共享课，《干细胞基础与临床》（李玉林）为国家视频公开课，李玉林教授主持的“病理学系列教材建设”获国家级教学成果二等奖；李凡教授主持的《微生物学实验基本技术视听教材》获卫生部医学视听教材制作立项资助。李凡教授主持的《长学制医学人才培养体系的改革与实践》获第七届吉林省高等教育教学成果一等奖，李一教授主持的《培养学生创新素质和自主学习能力的免疫学教学模式探索与课程体系建立》获第七届吉林省高等教育教学成果三等奖。学院获得吉林省教育厅教育技术成果奖6项，吉林大学实验技术成果奖10项。基础医学学生自主设计性实验作为特色教学项目参加“高等学校国家级实验教学示范中心十年建设成果展示交流会”。近三年，学院教师发表教学研究论文近百篇。